Первый вокзал станции Заозерная был построен в 1896 году, 16 февраля 1897 сюда прибыл первый товарно-пассажирский поезд.
В 1956 году в 25 км от г. Заозерного началось строительство города закрытого типа Красноярск-45. Нужно было расширить станцию, проложить 3 пути, старый вокзал снесли.
18 марта 1963 года новое здание вокзала сдано в эксплуатацию. Первым начальником вокзала стал Мисевро Иван Никодимович .
Современный двухэтажный вокзал станции Заозёрная построен из кирпича. Общая площадь здания составляет 1252 квадратных метра. Проект разрабатывал «Ленгипротранс» в 1958 году.
В 1984 году вокзал станции Заозерная, один от Красноярской железной дороги представлен на «Выставке достижений народного хозяйства». Начальник вокзала Сидорова А.Н. и старший билетный кассир Мисевро Л.К. награждены бронзовыми медалями ВДНХ.
